Výpočetní design biokatalyzátorů pro likvidaci toxických látek

Vedení

Abstrakt

Důsledkem lidské činnosti je do životního prostředí uvolňováno značné množství antropogenních sloučenin, které mohou vykazovat toxické účinky na lidské zdraví. Půdním bakteriím chybí enzymy, které by byly schopné tyto sloučeniny degradovat. Moderní metody proteinového inženýrství nabízí řešení tohoto problému. Běžně používané postupy náhodné mutageneze jsou však časově a finančně velmi náročné, proto je jejich vhodnou alternativou racionální design založený na znalostech získaných vědeckými výpočty. V rámci této práce budou navrženy mutantní enzymy s potenciální aktivitou s toxickými antropogenními chemikáliemi metodami racionálního designu – molekulovým dokováním, molekulovou dynamikou, bioinformatikou a de novo designem. Student bude nejprve zaškolen do principů a metod počítačového modelování a následně bude aplikovat tyto metody při vlastní výzkumné práci. Časově náročné výpočty budou prováděny v Superpočítačovém centru. Navržené enzymy budou připraveny a testovány s vybranými chemikáliemi ve spolupráci s experimentálními týmy. Vylepšené enzymy mohou být využity v praktických aplikacích vyvíjených ve spolupráci s Ústavem RECETOX a biotechnologickými firmami Enantis a PSI.
 

Výpočetní design biokatalyzátorů pro likvidaci toxických látek

 

Reference

Financování

Projekt je podporován grantem Ministerstva školství České republiky a Grantové agentury České republiky.

Gaspar a Gaussian Expert
1st Hands-on Computational Enzyme Design Workshop
Marie Curie Fellowship for Dmitri
Rayyan Announced as Best Presenter
Researchers’ Night 2019 in LL
Open Postdoctoral Position: Protein Structural Biologist
Andrea Awarded for Excellent Research