Význam transportu ligandů pro funkci enzymů

Vedení

Abstrakt

Enzymy jsou účinné a specifické katalyzátory používané při biosyntéze, biodegradacích nebo v biomedicíně. Pro jejich aplikaci je často nutné enzymy upravit, přičemž značně pomáhá detailní porozumění jejich molekulárnímu mechanismu. Do nedávné doby se při studiu mechanismu soustředil zájem pouze na aktivní místo enzymu, ve kterém dochází k chemické přeměně substrátu na produkt. Nejnovější poznatky ukazují, že v mnoha enzymech je zapotřebí věnovat pozornost také molekulárním tunelům, které umožňují přístup substrátu do aktivního místa a po reakci odchod produktů do okolního prostředí. V rámci této práce budou studovány transportní tunely v enzymech molekulovou dynamikou. Teoretická pozorování budou v rámci spolupráce experimentálně potvrzeny s použitím moderních biochemických metod. Nové poznatky povedou k rozšíření povědomí o významu tunelů ve vědecké komunitě, umožní racionální design mutantních enzymů a přispějí k dalšímu rozvoji programu CAVER. Student bude zaškolen do principů a metod počítačového modelování a následně bude aplikovat tyto metody při vlastní výzkumné práci. Časově náročné výpočty budou prováděny v Superpočítačovém centru. Projekt je řešen ve spolupráci s Rutgers University v USA.

Počítačový design stabilních proteinů pro biomedicínu

 

 

 

 

 

 

 

 

Reference

Financování

Projekt je podporován grantem Ministerstva školství České republiky a Česko-Americké spolupráce AMVIS.

New Version of CAVER PyMOL Plugin
New Website of SinFonia Project
Congratulations to Katka on her BA’s Degree
Hanka’s Success at a Student Conference
KinTek Workshop First Time in Europe
Open Postdoctoral Position: Protein Structural Biologist
Pavel Vanacek and Antonin Kunka Awarded by Dean