Inženýrství tunelů halogenalkandehalogenas řízenou evolucí

Vedení

Abstrakt

Vývoj v oblasti proteinového inženýrství vede k upřednostňování metod cílené řízené evoluce před náhodnou mutagenezí. Konstrukce tzv. chytrých knihoven mutantů metodami molekulární biologie významně zvyšuje poměr vylepšených a testovaných variant. Mutageneze se zpravidla soustřeďuje do aktivních míst, ve kterých enzym přichází do kontaktu se substrátem. Aktivní místo se může nacházet na povrchu enzymu nebo uvnitř proteinové struktury. Je-li aktivní místo zanořené, zajišťují jeho kontakt s okolním prostředím vstupní tunely. Přístup substrátu a odchod produktu může být regulován flexibilními rezidui vyskytujícími se v otevřené či uzavřené konfiguraci a tvořících tzv. molekulární brány. Inženýrství vstupních tunelů se již osvědčilo při přípravě stabilních, ale přitom aktivních variant enzymů. Projekt bude zaměřen na přípravu mutantních halogenalkandehalogenas pomocí iterativní saturační mutageneze aminokyselin vstupního tunelu. Mutageneze bude zacílena pomocí softwarového nástroje Hotspot Wizard ve spolupráci s týmem molekulového modelování. Při konstrukci a testování knihoven budou využívány robotické stanice sběru kolonií, automatického pipetování a mikrofluidní čipy. Projekt bude řešen ve spolupráci s Rutgers University v  Piscataway, Univerzitou v Cambridge a Synchrotronem Diamond v Oxfordshire.

 

Inženýrství tunelů halogenalkandehalogenas řízenou evolucí

 

Reference

Financování

Projekt je podporován grantem Ministerstva školství České republiky, Česko-americká spolupráce KONTAKT, a grantem Evropské unie REGPOT.

COURSE: Computational Approaches and In Silico Enzyme Library Design for Applied Biocatalysis
Jan, Petr and Martin Awarded at SOC
Pavel’s Success at State Exam
LL Hosting R4B General Assembly
How LL Research Focus Fits the Big Issues in Medicine
Open Postdoctoral Position: Protein Structural Biologist
Martin Marek’s Success in GAMU Project