Inženýrství tunelů halogenalkandehalogenas řízenou evolucí

Vedení

Abstrakt

Vývoj v oblasti proteinového inženýrství vede k upřednostňování metod cílené řízené evoluce před náhodnou mutagenezí. Konstrukce tzv. chytrých knihoven mutantů metodami molekulární biologie významně zvyšuje poměr vylepšených a testovaných variant. Mutageneze se zpravidla soustřeďuje do aktivních míst, ve kterých enzym přichází do kontaktu se substrátem. Aktivní místo se může nacházet na povrchu enzymu nebo uvnitř proteinové struktury. Je-li aktivní místo zanořené, zajišťují jeho kontakt s okolním prostředím vstupní tunely. Přístup substrátu a odchod produktu může být regulován flexibilními rezidui vyskytujícími se v otevřené či uzavřené konfiguraci a tvořících tzv. molekulární brány. Inženýrství vstupních tunelů se již osvědčilo při přípravě stabilních, ale přitom aktivních variant enzymů. Projekt bude zaměřen na přípravu mutantních halogenalkandehalogenas pomocí iterativní saturační mutageneze aminokyselin vstupního tunelu. Mutageneze bude zacílena pomocí softwarového nástroje Hotspot Wizard ve spolupráci s týmem molekulového modelování. Při konstrukci a testování knihoven budou využívány robotické stanice sběru kolonií, automatického pipetování a mikrofluidní čipy. Projekt bude řešen ve spolupráci s Rutgers University v  Piscataway, Univerzitou v Cambridge a Synchrotronem Diamond v Oxfordshire.

 

Inženýrství tunelů halogenalkandehalogenas řízenou evolucí

 

Reference

Financování

Projekt je podporován grantem Ministerstva školství České republiky, Česko-americká spolupráce KONTAKT, a grantem Evropské unie REGPOT.

ELIXIR CZ annual conference 15 – 16 Nov, 2017
New video explaining the goals of Rafts4Biotech EU project
Invitation to a presentation by Synthetic Genomics
Andrea Schenkmayerova received a grant to attend an EMBO Practical Course
Open Postdoc Position: Protein Engineering
FireProt in MUNI
Jan Stourac won Dean’s Award