Počítačový design stabilních proteinů pro biomedicínu

Vedení

Abstrakt

Stabilita je klíčová vlastnost proteinů určující jejich použitelnost jako biokatalyzátory, diagnostické sondy nebo nanomateriály. Stabilitu proteinu lze zvýšit metodami proteinového inženýrství, kde se časově i finančně efektivním řešením ukazují metody racionálního designu navrhující mutace s použitím počítačů. V rámci této práce budou navrženy mutantní proteiny s vylepšenou termostabilitou, zvýšenou stabilitou vůči detergentům a zároveň zachovanou biologickou funkcí. K designu mutací budou využity následující postupy: (i) předpověď struktury mutanta, (ii) molekulová dynamika a (iii) bioinformatická analýza. Navržené proteiny budou připraveny a biochemicky charakterizovány ve spolupráci s experimentálními týmy. Student bude nejprve zaškolen do principů a metod počítačového modelování a následně bude aplikovat tyto metody při vlastní výzkumné práci. Časově náročné výpočty budou prováděny v Superpočítačovém centru. Vylepšené enzymy mohou být využity v praktických aplikacích vyvíjených ve spolupráci s Mezinárodním centrem klinického výzkumu ICRC a biotechnologickou společností Enantis.

Počítačový design stabilních proteinů pro biomedicínuPočítačový design stabilních proteinů pro biomedicínu

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Reference

Financování

Projekt je podporován grantem Ministerstva školství české republiky a Evropské unie.

ELIXIR CZ annual conference 15 – 16 Nov, 2017
New video explaining the goals of Rafts4Biotech EU project
Invitation to a presentation by Synthetic Genomics
Andrea Schenkmayerova received a grant to attend an EMBO Practical Course
Open Postdoc Position: Protein Engineering
FireProt in MUNI
Jan Stourac won Dean’s Award