Význam transportu ligandů pro funkci enzymů

Vedení

Abstrakt

Enzymy jsou účinné a specifické katalyzátory používané při biosyntéze, biodegradacích nebo v biomedicíně. Pro jejich aplikaci je často nutné enzymy upravit, přičemž značně pomáhá detailní porozumění jejich molekulárnímu mechanismu. Do nedávné doby se při studiu mechanismu soustředil zájem pouze na aktivní místo enzymu, ve kterém dochází k chemické přeměně substrátu na produkt. Nejnovější poznatky ukazují, že v mnoha enzymech je zapotřebí věnovat pozornost také molekulárním tunelům, které umožňují přístup substrátu do aktivního místa a po reakci odchod produktů do okolního prostředí. V rámci této práce budou studovány transportní tunely v enzymech molekulovou dynamikou. Teoretická pozorování budou v rámci spolupráce experimentálně potvrzeny s použitím moderních biochemických metod. Nové poznatky povedou k rozšíření povědomí o významu tunelů ve vědecké komunitě, umožní racionální design mutantních enzymů a přispějí k dalšímu rozvoji programu CAVER. Student bude zaškolen do principů a metod počítačového modelování a následně bude aplikovat tyto metody při vlastní výzkumné práci. Časově náročné výpočty budou prováděny v Superpočítačovém centru. Projekt je řešen ve spolupráci s Rutgers University v USA.

Počítačový design stabilních proteinů pro biomedicínu

 

 

 

 

 

 

 

 

Reference

Financování

Projekt je podporován grantem Ministerstva školství České republiky a Česko-Americké spolupráce AMVIS.

Sergio Marques the Most Ardent Journal Reader
Summer School of Protein Engineering
Prof. Donald Hilvert to Give Lectute at Masaryk University
Zbynek Prokop’s Professorship Approved by the President
Open Postdoc Position: Protein Engineering
Ondrej Vavra selected among Southmoravian PhD Talents
Professor Damborsky among Ceska hlava 2017 laureates