Cvičení 7 - bioinformatika

Úkoly z reálné praxe I.

1. Identifikace nových halogenalkandehalogenas
Experimentálně charakterizovaná halogenalkandehalogenasa LinB z bakterie Sphingobium japonicum:

>LinB (P51698)
MSLGAKPFGEKKFIEIKGRRMAYIDEGTGDPILFQHGNPTSSYLWRNIMPHCAGLGRLIA
CDLIGMGDSDKLDPSGPERYAYAEHRDYLDALWEALDLGDRVVLVVHDWGSALGFDWARR
HRERVQGIAYMEAIAMPIEWADFPEQDRDLFQAFRSQAGEELVLQDNVFVEQVLPGLILR
PLSEAEMAAYREPFLAAGEARRPTLSWPRQIPIAGTPADVVAIARDYAGWLSESPIPKLF
INAEPGALTTGRMRDFCRTWPNQTEITVAGAHFIQEDSPDEIGAAIAAFVRRLRPA

CÍL: získat (putativní) halogenalkandehalogenasy z myši

Nápověda:
  • nalezněte putativní halogenalkadehalogenasy v genomu myši (Mus musculus)
  • prozkoumejte funkci nalezených proteinů
  • získejte informace o příslušném genu/genech (nutné pro vyžádání genu od autorů
    resp. genovou syntézu)

2. Předpověď funkce "neznámeho" DNA fragmentu
>neznamy_fragment
AGAATGGCCCATATCTTAAAACCCAAGGGAGATGCGATTGTTTTTCAGCCCTCGGTTATT
TATATCTGGAAAAACATAATGCCTCATCTGGAGGGTCTTGGAAGGCTCGTGGCATGTGAA
CTTATCATGCGGGCCACGGAACTACTTAGTCCTTCCGGCCCTGATAGACATTCATATGGT
GAGCAACGGGATTTTCTCTTTGCACTTTGGGATGCGTTAGACTTAGGCGACCACGTCGTC
GTTGTTCTCCATAATTATGGCTCGGCACTTGGCTTCGATTGGGCCAATCAACATAGGAAA
AAGGTCCAGGGTATCGCTTTCATGGAGGCAATAGTTACCCCGATGACTTGGGCGGATTGG
CCTCCAGCAGTACGGGGTGTATTTCAGGGGTTCAGAAGCCCGCAGGGGGAGCCGATGGCC
CTAGAGCACAAAATTTTTGTCGAGAGAGTGCTACCCGGTGCAATATTGAGGCAGTTGAGT
GACGAGGAGATGAATCACTGGAGACGCCCTTACGTCAACGGCGGGGAAGACAAGCGCCCA
ACGCTTAGCTGGCCGAGAAACCTCCCTATCGATGGTGAGCCGGCTGAAGTAGTGGCCCTT
GTTAATGAATACCGAAGCTGGATAGAAGAGACAGATATGCCGAAACTGTTTATTAACGCA
GAGCCTGGGGCGATTATCACTGGACGGATTCGAGATTACGTACGCTCGTGGCCAAATCAG
ACAGAGATCACCGTGCCGGGTGTTGGCTTTGTGCAAGAAGACTCTCCCGAAGAAATCGGA
GCTGCCATAGCGCAGTTTGTTCGGCGTTTGAGATCGG

CÍL: získat informace o potenciální funkci daného fragmentu

Nápověda:
  • identifikujte translační produkt
  • identifikujte proteinovou rodinu (sekvenční identita alespoň ~ 20% - 30%)
  • vyberte několik reprezentativních sekvencí z dané rodiny (preferenčně
    experimentálně charakterizované)
  • identifikujte vysoce konzervované oblasti a rezidua důležitá pro funkci