Bioinformatika
Kurz bioinformatiky zahrnuje dva teoretické a jeden praktický předmět. Doporučujeme absolvovat všechny tři předměty v jednom semestru:
Cvičení

• Bioinformatické databáze
  • • Hledání v databázích nukleotidových sekvencí
  • • Hledání v databázích proteinových sekvencí
  • • Informace o genomových projektech
  • • Informace o bakteriálním genomu
  • • Vyhledání specializovaných databází
• Manipulace se sekvenčními daty
  • • Konverze formátů sekvencí
  • • Translace nukleotidové sekvence
  • • Získání sekvence z databáze
  • • Sestavení krátkého kontigu ze 4 sekvencí
  • • Analýza restrikčních míst
• Párové sekvenční přiložení
  • • Textové vs. sekvenční vyhledávání v databázích
  • • Lokální vs. globální párové přiložení
  • • Vliv substituční matice na párové přiložení
  • • Vyhledávání v databázích na základě sekvenční podobnosti
  • • Identifikace kontaminace sekvencí vektoru
  • • Vliv repetitivní sekvence na párové přiložení
• Mnohonásobné sekvenční přiložení
  • • Konstrukce mnohonásobného přiložení
  • • Konstrukce mnohonásobného přiložení v programu BioEdit
  • • Konstrukce fylogenetického stromu
  • • Vyhledání pomocí nástroje PSI-BLAST
  • • Databáze mnohonásobných přiložení
• Návrh primerů
  • • Seznámení s programem pDRAW52
  • • Návrh oligonukleotidů pro PCR
  • • Návrh oligonukleotidů pro sekvenování
  • • Návrh oligonukleotidů pro PCR pomocí NCBI Primer-BLAST
  • • Seznámení s programem Oligo
• Hledání a identifikace genů
  • • Identifikace podobností s popsanými proteiny
  • • Identifikace otevřeného čtecího rámce
  • • Identifikace genů pro tRNA
  • • Identifikace strukturních genů pomocí aplikace GeneMark
  • • Přiřazení sekvence ke genomu jiného organizmu
• Analýza proteinových sekvencí
  • • Predikce fyzikálně-chemických vlastností proteinu
  • • Předpověď transmembránových oblastí proteinu
  • • Identifikace motivů a domén
• NGS data a lokální anotace dat
  • • Výstupní data ze sekvenátoru
  • • Analýza dat na Galaxy serveru
  • • Anotace neznámé sekvence v programu UGENE
  • • Analýza terminátorů transkripce
• Strukturní databáze
  • • Databáze proteinových struktur
  • • Klasifikační databáze proteinových struktur
  • • Analýza proteinové struktury v programu PyMOL
  • • Příprava obrázku struktury v programu PyMOL
• Předpověď struktury proteinů
  • • Předpověď sekundární struktury
  • • Předpověď proteinového foldu
  • • Výběr templátu pro homologní modelování
  • • Předpověď 3D struktury proteinu

Úkoly z "reálné praxe"

• Úkoly z "reálné praxe" I.
  • Identifikace nových halogenalkandehalogenas
  • Předpověď funkce neznámého DNA fragmentu